Plus tard durant la première guerre mondiale, il fut emprisonné. Joseph Pilates mis à profit cet isolement, car c’est durant cette période qu’il met en place les fondements de la méthode Pilates et conçoit les prémices des machines Pilates en enseignant des exercices de gym à d’autres détenus. Sa croyance du lien entre santé mentale et physique se concrétise pour lui lors d’une épidémie de grippe meurtrière qui épargne les personnes ayant suivis sa méthode.